أعيد انتخابه رئيساً للجمهورية خلال استفتاء علي الرئاسة في أعوام 1987 و1993 و1999 و2005 لخمس فترات متتالية وطالب الكثيرين بتعديل الدستور ليسمح بتعدد المرشحين لرئاسة الجمهورية وان يصبح بالانتخاب المباشر عوضا عن الاستفتاء ؛ وبذلك تكون فترة حكمه من أطول فترات الحكم في المنطقة العربية. في فبراير 2005 دعي حسني مبارك الي تعديل المادة 76 من الدستور المصري والتي تنظم كيفيه اختيار رئيس الجمهورية وتم التصويت بمجلس الشعب لصالح هذا التعديل الدستوري الذي جعل رئاسة الجمهورية بالانتخاب المباشر لأول مرة في مصر من قبل المواطنين وليس بالاستفتاء كما كان متبعا سابقا. وجهت إليه انتقادات من قبل حركات معارضة سياسية في مصر مثل كفاية لتمسكه بالحكم خاصة قبل التجديد الأخير الذي شهد انتخابات بين عدد من المرشحين لأول مرة (أبرزهم أيمن نور ونعمان جمعة) وصفت من قبل الحكومة المصرية بالنزاهة ومن قبل بعض قوي المعارضة بالمسرحية الهزلية المقصود بها إرضاء بعض القوى الخارجيه . ومن الناحية الاقتصادية يعتقد البعض أن حسني مبارك لم يستطيع أن يحقق ما كان يعد به دائما من تحقيق الاستقرار الاقتصادي وحماية محدودي الدخل بل ظل الاقتصاد يعاني حتي الآن من مشاكل كبيرة وخاصة بعد تبنيه عمليات الخصخصة التي أثير حولها الكثير من الشكوك والمشاكل من حيث عدم جدوها وإهدارها للمال العام.. وأنها كانت في صالح المستثمرين وأصحاب روؤس الأموال فقط.. كما أنه لم يستطع تحقيق معدلات معقولة من نسبة البطالة للبلد ويرجع هذا السبب الي السبب الأولي بجانب تحكم عدد قليل من أصحاب روؤس الأموال في مقدورات البلد، بالرغم من هذا فان مصر احتلت مركزا متقدما في منطقة الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في جذب رؤوس الأموال الأجنبية للاستثمار المباشر في 2007. شهد عصره تزايد الاضرابات العمالية وانتشار ظاهرة التعذيب في مراكز الشرطة، واستفحال ظاهرة العنف ضد المرأة.
، وازداد عدد المعتقلين في السجون، إذ وصل عدد المعتقلين السياسيين إلى ما يقرب من ثمانية عشر ألف معتقل إداري ، وحسب تقدير ورد في كتاب من تأليف الصحفي عبد الحليم قنديل وصل عدد العاملين في أجهزة الأمن المصرية" 1.7 مليون ضابط وجندي ومخبر، وهو ما يعني أن هناك عسكريا لكل 47 مواطنا مصريا" حسب الكتاب.
وفي عصره تزايد عدد الفقراء حيث أشار تقرير نشر في فبراير 2008 أن "11 مليون مواطن يعيشون في 961 منطقة عشوائية"، وتفاقمت الأزمة الاقتصادية على إثر بعض السياسات الاقتصادية ،ويتحكم 2% من المصريين في 40% من جملة الدخل القومي وقد أتخذت الأزمة الاقتصادية في عهده منعطفاً خطيرا بعد عام 1998، إذ زاد معدلات التضخم بصورة ضخمة في هذا العام وتضاعفت الأسعار بسبب قرار اتخذه رئيس الوزراء وقتها عاطف عبيد بتحرير سعر الدولار. ومنذ توليه الرئاسة ظل تطبيق قوانين الطوارئ ساريا إلى الآن. في مايو 2007 عارض الرئيس مبارك بشدة مشروع مفترض لبناء جسر بري يربط مصر والسعودية عبر جزيرة تيران في خليج العقبة بين رأس حميد في تبوك شمال السعودية، ومنتجع شرم الشيخ المصري حركة تنقل الحجاج ونقل البضائع بين البلدين ولكن الرئيس رفض حتي لا يؤثر علي المنتجعات السياحية في مدينة شرم الشيخ
حسب تصنيف مجلة باردي الأمريكية يعتبر حسني مبارك الديكتاتور رقم 20 الأسوء على مستوى العالم لعام 2009 بينما حل في المركز السابع عشر في عام 2008 لنفس القائمة حسب تصنيف فورين بوليسى الأمريكية يحتل الرئيس محمد حسني مبارك المركز الخامس عشر في قائمة فورين بوليسي (أسوء السيئين) لعام 2010 حيث تعتبره فورين بوليسي "حاكم مطلق مستبد يعانى داء العظمة وشغله الشاغل الوحيد أن يستمر فى منصبه، ومبارك يشك حتى فى ظله وهو يحكم البلاد منذ 30 عاما بقانون الطوارئ لاخماد أى نشاط للمعارضة ويجهز ابنه جمال حاليا لخلافته"، وأضافت فورين بوليسى الأمريكية أنه "لا عجب أن 23 % فقط من المصريين أدلوا بأصواتهم فى الانتخابات الرئاسية الأخيرة عام 2005" الرئيس مبارك يحكم مصر منذ 29 عاما.
، وازداد عدد المعتقلين في السجون، إذ وصل عدد المعتقلين السياسيين إلى ما يقرب من ثمانية عشر ألف معتقل إداري ، وحسب تقدير ورد في كتاب من تأليف الصحفي عبد الحليم قنديل وصل عدد العاملين في أجهزة الأمن المصرية" 1.7 مليون ضابط وجندي ومخبر، وهو ما يعني أن هناك عسكريا لكل 47 مواطنا مصريا" حسب الكتاب.
وفي عصره تزايد عدد الفقراء حيث أشار تقرير نشر في فبراير 2008 أن "11 مليون مواطن يعيشون في 961 منطقة عشوائية"، وتفاقمت الأزمة الاقتصادية على إثر بعض السياسات الاقتصادية ،ويتحكم 2% من المصريين في 40% من جملة الدخل القومي وقد أتخذت الأزمة الاقتصادية في عهده منعطفاً خطيرا بعد عام 1998، إذ زاد معدلات التضخم بصورة ضخمة في هذا العام وتضاعفت الأسعار بسبب قرار اتخذه رئيس الوزراء وقتها عاطف عبيد بتحرير سعر الدولار. ومنذ توليه الرئاسة ظل تطبيق قوانين الطوارئ ساريا إلى الآن. في مايو 2007 عارض الرئيس مبارك بشدة مشروع مفترض لبناء جسر بري يربط مصر والسعودية عبر جزيرة تيران في خليج العقبة بين رأس حميد في تبوك شمال السعودية، ومنتجع شرم الشيخ المصري حركة تنقل الحجاج ونقل البضائع بين البلدين ولكن الرئيس رفض حتي لا يؤثر علي المنتجعات السياحية في مدينة شرم الشيخ
حسب تصنيف مجلة باردي الأمريكية يعتبر حسني مبارك الديكتاتور رقم 20 الأسوء على مستوى العالم لعام 2009 بينما حل في المركز السابع عشر في عام 2008 لنفس القائمة حسب تصنيف فورين بوليسى الأمريكية يحتل الرئيس محمد حسني مبارك المركز الخامس عشر في قائمة فورين بوليسي (أسوء السيئين) لعام 2010 حيث تعتبره فورين بوليسي "حاكم مطلق مستبد يعانى داء العظمة وشغله الشاغل الوحيد أن يستمر فى منصبه، ومبارك يشك حتى فى ظله وهو يحكم البلاد منذ 30 عاما بقانون الطوارئ لاخماد أى نشاط للمعارضة ويجهز ابنه جمال حاليا لخلافته"، وأضافت فورين بوليسى الأمريكية أنه "لا عجب أن 23 % فقط من المصريين أدلوا بأصواتهم فى الانتخابات الرئاسية الأخيرة عام 2005" الرئيس مبارك يحكم مصر منذ 29 عاما.
